在食品污水處理中，含有大量的有機物，耗氧是有機廢水的特點，所以對有機廢水的處理，多采用生物化學法。食品工業污水排入水體的有機物，在好氧菌及充足的氧氣供給情況下，進行好氧分解變為無機物質，這一分解過程稱為生物氧化過程。采用人工措施，培養水中微生物，輸進足夠的氧，以促進有機物的生化分解進程，這就是好氧生物處理法的實質。有機廢水的生物好氧處理具有如下優點：生化反應速度快、好氧消化設備簡單，基建投資較少、運行穩定操作簡單。好氧處理一般適用于處理中、低濃度的有機廢水。
有機廢水的好氧生物處理方法主要有活性污泥法、生物膜法、曝氣塘法和膜生物反應器法。
食品行業污水處理：
1、活性污泥法：普通活性污泥法的一般過程是廢水先經過初沉池，預先將一些懸浮顆粒去除掉，以減輕活性污泥的工作負擔，BOD降到一定程度后，處理好的廢水和部分活性污泥一起流入另一容器，即二沉池。去除活性污泥后的清水即可排放。由于曝氣池中的污泥不斷被帶走，因此還需要將一部分污泥返回曝氣池中，以維持曝氣池中活性污泥的濃度。
2、生物化學處理法：是有機廢水處理系統中重要的過程之一。在食品工業的廢水處理中，生物處理工藝可分為好氧工藝、厭氧工藝、穩定塘、土地處理以及由上述工藝的結合而形成的各種各樣的組合工藝。食品廢水是有機廢水，生物法是主要的二級處理工藝，目的在于降解COD、BOD5。
3、膜生物反應器法：膜生物反應器是將污水生化處理與物化處理于一池內完成，大大提高了泥水分離效率，并且由于曝氣池中活性污泥的增大和污泥水中菌的出現，提高了生化反應速率。該工藝能大大減少剩余污泥的產量，處理后的出水為清澈透明的凈水，出水水質大大優于其它污水處理工藝。
用于食品工業廢水處理的物理處理法有篩濾、撇除、調節、沉淀、氣浮這五種工藝多用于預處理或一級處理，離心分離、過濾、微濾主要用于深度處理。
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